По типу работы, способам хранения данных и биометрическим характеристикам, на которых они основаны, существует несколько типов биометрических систем контроля.
В зависимости от характеристик, на которых они основаны, различают два основных типа - физиологические и поведенческие. Физиологические биометрические технологии охватывают несколько подтипов - анализ лица, радужной оболочки и пальцев, а также геометрию ладони и ДНК. Вторая биометрическая технология, которая также более распространена, включает типы терминала ввода, графологический и голосовой анализ.
Также различаются биометрические системы контроля доступа по реализованному способу хранения данных - локально в контрольных точках или в централизованной базе данных. Также используется вариант, при котором биометрические данные размещаются на индивидуальном носителе (карте). Режимы распознавания тоже могут быть разными. Например, сетевой, когда биометрические данные отправляются на сервер и там сравниваются, или автономный, когда распознавание выполняется на контрольно-пропускном пункте. В автономном режиме можно выполнить поиск в автономной базе данных или сравнение с данными на отдельном носителе. Система может поддерживать оба режима, что сделано для того, чтобы обеспечить более высокую скорость прохождения через определенные точки доступа с интенсивным трафиком.